Tổng cục Hải quan đã chủ động và tích cực phối hợp với các bộ, ngành cải cách công tác quản lý kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hoá xuất nhập khẩu. Để tạo thuận lợi cho DN trong hoạt động xuất nhập khẩu, ngoài nỗ lực cải cách thủ tục hải quan, cơ quan hải quan đã chủ động, tích cực triển khai các hoạt động, nhằm cải cách công tác quản lý và KTCN. Trên cơ sở rà soát các quy định pháp luật về quản lý và KTCN, cơ quan hải quan đã kịp thời phát hiện những bất cập, vướng mắc và kiến nghị các bộ, ngành sửa đổi, bổ sung các quy định. Hệ thống hải quan cũng đã chủ trì, phối hợp với một số bộ, ngành tổ chức các đợt làm việc tập trung để rà soát mã số HS đối với các danh mục chuyên ngành, mặt hàng chồng chéo nói riêng, pháp luật chuyên ngành nói chung; thực hiện tốt nhiệm vụ cải cách hoạt động KTCN theo chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.