Trong quá trình rà soát Hệ thống kế toán thuế tập trung mà Tổng cục Hải quan yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố thực hiện, nhận thấy rằng bên cạnh việc những doanh nghiệp đã nộp xong phí hải quan cho tờ khai hàng TNTX hoặc TXTN thì hệ thống kế toán thuế tập trung vẫn còn treo nợ phí đối với tờ khai đối ứng. Tổng cục Hải quan yêu cầu các cục hải quan cấp cơ sở thực hiện rà soát, điều chỉnh và xử lý số phải thu và phí hải quan trên Hệ thống kế toán thuế tập trung chi tiết theo tờ khai, DN còn nợ phí hải quan nhằm theo dõi chính xác số phí hải quan còn phải nộp. Cụ thể, Hàng TNTX hoặc TXTN chỉ thu lệ phí thủ tục hải quan 1 lần khi làm thủ tục NK và Hàng TNTX hoặc TXTN chỉ thu phí, lệ phí 1 lần khi làm thủ tục XNK… Tổng cục Hải quan yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố thực hiện rà soát, điều chỉnh và xử lý số phải thu và phí hải quan trên Hệ thống kế toán thuế tập trung là một việc cần thiết cho ngành Hải quan hiện nay.