Qua quá trình giám sát quản lý đối với hàng hoá xuất nhập khẩu, Tổng cục Hải quan lấy ý kiến sẽ bổ sung nhiều quy định theo hướng đơn giản, ứng dụng tối đa công nghệ thông tin. Cụ thể bao gồm nhóm vấn đề phát sinh từ thực tiễn và những vấn đề trong vướng mắc kiểm tra giấy tờ. Do chưa có quy định cụ thể hồ sơ và thủ tục hải quan đối với trường hợp khai bổ sung sau thông quan trong trường hợp gửi thiếu hàng và hàng hóa đã được đưa toàn bộ ra khỏi khu vực giám sát hải quan dẫn đến các chi cục hải quan chưa có cơ sở để hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện. Hiện nay, hệ thống CNTT chưa đáp ứng được việc theo dõi, tự động trừ lùi, thanh khoản giấy phép, kết quả kiểm tra dẫn đến cơ quan Hải quan không thể nhận biết được lô hàng đã xuất khẩu, nhập khẩu. Qua những vấn đề phát sinh này, Tổng cục Hải quan đã đưa ra những định hướng dự kiến sửa đổi, bổ sung nội dung liên quan đến các vấn đề xuất nhập khẩu ảnh hưởng trực tiếp đến các doanh nghiệp trong địa bàn hiện nay.